パワーサイト型を前提にすると
なるべく独自ドメインによる運用がいいのではないか
というのが個人的な感想になります。
独自ドメインのほうがSEOとしての評価が高くなる傾向にあるようです。
また、独自ドメインのほうが気合が入ります。(これは意外と重要です。自分のものだ、所有物だと思うと強い想いがそこに生まれやすくなります。すると更新がしたいという気持ちが強くなります。)
さらになんらかの事業で消されたりするということも少なくなります。
加えて、無駄な広告などが出ないというものがあります。
これはアドセンスなどのクリック型だと比較的重要な問題になると思います。
また、自分の思い通りのカスタマイズも独自ドメインでの運用のほうがいいのではないでしょうか?無料のものだと限界があります。その限界が意外とクリティカルだったりします。
以上より、パワーサイトであれば、独自ドメインの運用が大事だと思います。